Происхождение метода связывают с исследованиями Ф. Гальтона. В работе «Англичане из науки» (English Men of Science, 1874) он проанализировал сходства физических и психических характеристик между близнецами. Фрэнсисом были высланы в семьи около 600 опросников, позволяющих оценить степень сходства между разными членами семей. Особенное внимание уделялось семьям с близнецами. Однако тогда ещё не было известно о двух типах близнецов (идентичных и неидентичных). Гальтон был убеждён, что у близнецов одинаковый набор хромосом от родителей и рассматривал сравнение близнецов как возможность увидеть в первую очередь эффекты среды и воспитания. С окончательным пониманием существования идентичных (монозиготных) и неидентичных (дизиготных) типов близнецов стало возможным появление близнецового метода в его современном понимании.